Zoogdieren
De acht vleermuissoorten van Bonaire zijn de enige inheemse (land)zoogdieren van het Caribische eiland. Deze vleermuizen zijn van enorm belang voor het ecosysteem op het Caribische eiland. Bij de bestuiving van de Kadushi-cactussen op Bonaire spelen de vleermuizen namelijk een noodzakelijke rol.
Als de Kadushi-cactus ’s nachts bloeit komen de vleermuizen het nectar ophalen en ze nemen daarbij ongewild het stuifmeel mee dat ze dan weer bij de volgende Kadushi-cactus afgeven. Veel andere diersoorten zijn volledig afhankelijk van de cactussen op Bonaire.
Geiten en ezels
Op Bonaire kun je ook verwilderde ezels (Papiaments: buriku) en geiten (Papiaments: kabritu) tegenkomen. Deze dieren zijn ooit door de Spanjaarden en Hollanders op Bonaire geïntroduceerd. Met name de ezels lopen door allerlei omstandigheden gevaar. De ‘Donkey Sanctuary Bonaire’ bekommert zich over deze dieren.
Ondanks het feit dat er op veel plaatsen langs de weg waarschuwingsborden staan voor overstekende ezels, vinden er jaarlijks aanrijdingen plaats tussen auto’s en deze eigenzinnige hoefdieren.

Naast de ezels rennen er duizenden (wilde) geiten rond op Bonaire, waarbij ze zich in grote of kleine kuddes verplaatsen. De kleine herkauwers zijn niet bepaald kieskeurig als het om voedsel keuze gaat en vreten als ze de kans krijgen alles op. De meeste Bonairianen hebben dan ook een haag van cactussen (trankéra) opgetrokken rondom hun huis om de vraatzuchtige geiten buiten de deur te houden.
Vleermuissoorten van Bonaire
| Nederlands | Engels | Latijns |
| Trinidadhondvleermuis | Trinidad Dog-like Bat | Peropteryx trinitatis |
| Kleine kaalrugvleermuis | Davy's Naked-backed Bat | Pteronotus davyi |
| Spookgezichtvleermuis | Ghost-faced Bat | Mormoops megalophylla |
| Langtongvleermuis | Miller's Long-tongued Bat | Glossophaga longirostris |
| Langsnuitvleermuis | Southern Long-nosed Bat | Leptonycteris curasoae |
| Trechteroorvleermuis | Trinidadian Funnel-eared Bat | Natalus tumidirostris |
| Varkenssnuitvleermuis | Velvety Free-tailed Bat | Molossus molossus |
| Hazenlipvleermuis | Bulldog Bat | Noctilio leporinus |



